股权激励有上述巨大优势，并不代表股权激励是完美无缺的，更不代表任何一家公司都可以并适合实施股权激励。操作不当反而会得不偿失。股权激励的不足之处主要体现在如下几个方面：

首先是在实施股权激励的时机问题上，并不是任何时间都适合做股权激励计划的。当时机不成熟或仓促上马股权激励措施时，不但难以产生预期的激励效果，更会容易产生经营管理层最大化自身权益的副作用，从而增加内耗，降低企业效率。

其次是公司治理不完善的情况下，股权激励实施方案设计容易存在漏洞，使股权激励普遍趋近于各种类型的变相奖金，甚至失去激励效力。或者会通过降低股权激励设定条件，使被激励对象轻易获取股权激励，把股权激励演变成为股权分红。

再次，从利润调控角度来讲，收入确认和存货价格确定的可调控性是最强的，这会诱使公司的经营管理层操纵会计利润。倘若股权激励计划中考核指标也不够完善，比如单纯考核单一的财务指标，也会导致经营管理层过度关注短期财务状况，不利于公司的长远发展。

最后，与没有实施股权激励计划前相比，由于没有了股权激励的收入，企业经营管理层年薪大幅度降低。在行业低迷时期，股权激励不仅起不到激励作用，反而更不利于企业在困难时期稳定经营管理层。

股权激励并非适用于每一家公司，即使是适用股权激励的公司也应当注意股权激励的方案与方法。其原因就在于，每家公司都有其独特的公司治理问题，并不存在适合任何公司股权激励方案。同时，实践中对股权激励的认知也存在误区：

首先是容易造成股权激励成本不高的印象。但实际上，把股权激励的成本作为费用记入损益表，对上市公司净利润的影响是非常明显的。而在非上市公司中，由于无法通过资本市场分摊股权激励的成本，这就需要公司股东承担成本，而且激励成本无法计入企业经营成本。

另一个误区点是管理层的考核标准问题。并不能简单的认为考核的标准越高越好。合理的考核指标能够激励管理层努力经营，但又不至于被认为高不可攀而使其放弃努力，而如何制定考核标准向来被认为是股权激励方案设计中的最难点。因此，可以参照同行业，设定适合本企业的财务和非财务指标。

第三则是容易忽视对经营者的信用审查问题。职业经理人市场供求关系十分不平衡，优秀的职业经理人往往会成为多家企业的追逐对象。这就容易导致公司忽视经营管理者的信用审查问题。而一旦出现市场监督失效的情形，某些职业经理人对职业道德忽视的恶果就会显现，进而给企业带来重大危害。