法院认为,甲公司与乙公司签订的《运输合同》系双方真实意思表示,不违反法律法规及行政法规的强制性规定,不违反公序良俗,合法有效,双方均应切实履行。本案中,甲公司主张已向乙公司提供了运输等服务,产生运费八万余元,并提供了相关证据,乙公司应按协议约定支付运输费用。甲公司主张逾期付款违约金,合法有据,应当予以支持。
对于丙公司是否应向甲公司承担付款责任,根据其与乙公司签订的《托管协议》,在托管期间,丙公司对乙公司的生产、供应、销售、财务、质量控制、劳动人事、行政等进行全面管理,且乙公司的公章由丙公司保管使用,丙公司对乙公司享有经营、管理、控制权,以乙公司的名义对外经营;乙公司的全部收益归丙公司,丙公司督促乙公司解决托管期间的债权债务,并承担相应的法律后果,根据权利义务对等原则,丙公司应当对托管期间的债务承担法律责任。加之,双方未对乙公司在托管期间的债权债务进行清算,现甲公司明确主张乙公司与丙公司共同向己方承担还款责任,合法有据,法院予以支持。就乙公司与丙公司之间的债权债务关系,其双方在向甲公司履行完毕还款义务后,可另行起诉主张权利。
综上,法院判决被告乙公司向原告甲公司支付运费八万余元及逾期付款损失;第三人丙公司对乙公司的付款义务承担共同还款责任。